本作的舞台設定在「真大和帝國（シンヤマト帝国）」。由隕石所帶來的「奇美拉病毒（キメラウイルス）」在全世界引起爆發性大流行的世界。被奇美拉病毒感染的人，雖然能得到超越常人的強大能力，但最終將會變成異樣的怪物。而且到發病為止，外形都不會有任何變化，根本無法判斷誰已經染上病毒。
當太陽西沉後，就是化為怪物的感染者「奇美拉」橫行於世的時間。就在眾人都畏懼的情況下，「特務機關 ACIE」成立了「特殊部隊女武神」。玩家在遊戲中要扮演隊長「白峰朝日（白峰アサヒ）」（配音：浪川大輔），和眾多隊員一起挺身而出對抗奇美拉。然而朝日等人雖然戰況十分順利，但卻要對面在隊員當中存在背叛者「奇美拉預備軍」的恐怖情況……
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